يعتبر الجهاز التنفيذي للمجلس الأعلى للبيئة الجهة الإدارية المختصة بتصريف شؤون المجلس الفنية والإدارية والمالية، ويرأس الجهاز التنفيذي سعادة الدكتور محمد مبارك بن دينه الرئيس التنفيذي للمجلس الأعلى للبيئة ويعاونه عدد من الموظفين. ويشرف الجهاز التنفيذي على كافة المهام والمسؤوليات والأدوار التي يتلقاها من المجلس، كما يختص الجهاز التنفيذي بالتعاون والتنسيق مع كافة الوزارات والهيئات والمؤسسات والأجهزة المعنية في مملكة البحرين، وله في سبيل ذلك مخاطبة هذه الجهات من أجل موافاة المجلس الأعلى للبيئة بكل البيانات والمعلومات والدراسات اللازمة لمباشرة أعمال المجلس.

ويقوم الجهاز التنفيذي بمتابعة تنفيذ الخطط والسياسات والأنظمة والقرارات والإجراءات والتعليمات التي تدعو للمحافظة على البيئة، إلى جانب بحث ودراسة واقتراح كافة الأنظمة المتعلقة بالبيئة، والاستفادة من معاهد أبحاث البيئة الدولية والمنظمات والجمعيات المتخصصة في مجال البيئة سواء داخل المملكة أو خارجها. ويشمل ذلك أيضاً الإشراف على الأبحاث والدراسات المتعلقة بالتلوث ومراقبة آثاره السلبية على الصحة والبيئة الطبيعية والبشرية في مملكة البحرين، وله في سبيل ذلك اتخاذ الإجراءات الوقائية والوسائل اللازمة للحد من التلوث البيئي بجميع أشكاله.

كما يختص الجهاز التنفيذي بدراسة ومناقشة الخطط والأنظمة التي تضعها مختلف الوزارات والهيئات والمؤسسات والأجهزة المعنية في مملكة البحرين والتي تمارس أنشطة بيئية، واقتراح الحلول والبرامج والمشروعات والتوصيات لأية مشكلات أو مقترحات تحال إلى المجلس الأعلى للبيئة من قبل مجلس الوزراء أو أي من الجهات الرسمية أو غير الرسمية ذات العلاقة بعمل المجلس.

كما يساهم الجهاز التنفيذي بتحقيق تطلعات المجلس الأعلى للبيئة فيما يتعلق بسياسة التخطيط والتنمية في مملكة البحرين، لضمان مراعاة تخطيط وتنفيذ ومتابعة مشروعات التنمية بما لا تضر سلباً على الموارد البيئية وللمحافظة على البيئة الطبيعية والبشرية في مملكة البحرين. ويدخل في إطار ذلك قيام الجهاز التنفيذي بالرقابة على الأنشطة العامة والخاصة المتصل عملها بالبيئة.

ويعمل الجهاز التنفيذي على دراسة طبيعة الموارد البيئية من التربة والمياه والطاقة، واقتراح وسائل المحافظة عليها من التدهور وانخفاض كفايتها، وذلك عن طريق وضع الضوابط اللازمة للحد من سوء استخدامها أو استنزافها. ودراسة طبيعة المناطق الساحلية والبيئة البحريّة واقتراح حماية مواردها وتنميتها وتطويرها. ووضع وتطوير الإجراءات الوقائية الخاصة بالحد من التلوث البحري من كافة مصادر الطاقة والمواد والأنشطة التي قد يتسبب سوء استعمالها في إحداث الأضرار والملوثات بالبيئة. كما يقوم الجهاز التنفيذي بالمساهمة في تطوير القوى البشرية وتدريبها على المحافظة على البيئة.

ولا يغفل الجهاز التنفيذي أهمية دوره في نشر الثقافة البيئية والوعي البيئي لدى كافة فئات المجتمع، ويتضمن ذلك إقامة العديد من الفعاليات المجتمعية ذات الجوانب التربوية والإعلامية والاجتماعية والثقافية التي تساهم في تعزيز الشراكة المجتمعية بأهمية المحافظة على البيئة، ويتضمن ذلك أيضاً دوره في وضع وتنفيذ الخطط والبرامج اللازمة لتدريب وتأهيل الكوادر الفنية في مجال البيئة.

ويقوم الجهاز التنفيذي بوضع الإجراءات والضوابط المتعلقة باستيراد القطاعين العام والخاص لأية مواد أو منتجات لها تأثير مباشر على البيئة الطبيعية والبشرية في مملكة البحرين وخاصةً المواد الكيماوية والمشعة، كما يقوم الجهاز التنفيذي بوضع الأسس اللازمة لعملية الإدارة السليمة غير المضرة للبيئة بالنسبة للمخلفات الصناعية والصحية والمنزلية.