أعلن خليج توبلي كمحمية طبيعية ضمن قرار مجلس الوزراء الموقر رقم (1341) الصادر في 16 أبريل 1995. ثم تلا ذلك القرار الوزاري رقم (1) لسنة 1995 بشأن منع الاستصلاح وإعادة الإعمار في خليج توبلي.  حيث تم تنظيم الاستصلاح، والبناء وفق مجموعة من الشروط.  وفي نهاية عام 2006، تم الإعلان عن باقي خليج توبلي كمحمية طبيعية بشكل كامل.

 يقع خليج توبلي في المنطقة الشمالية الشرقية من جزيرة البحرين. وتبلغ مساحته حوالي 15.91 كيلومتر مربع.  وهو خليج شبه محصور يتميز بتيارات هادئة وملوحة منخفضة جزئيًا، ويضم الخليج تنوعًا ملحوظًا في الموائل الساحلية، والبحرية.  ويمتاز خليج توبلي بتوزيع فريد للسهول الطينية والتي تتميز بإنتاجية أولية عالية توفر مناطق تغذية وتكاثر قيّمة لمجموعة متنوعة من الطيور البحرية المقيمة والمهاجرة (حوالي 45 نوعًا).

 خليج توبلي معروف بتنوع البيئات الحيوية فيه، ويحتوي على شجر القرم الأسودAvicennia marina))، الموجود بشكل طبيعي فقط في خليج توبلي (رأس سند).  هذا وتوفر محمية خليج توبلي ملاذ مهماً للعديد من الطيور المهاجرة، خاصة في الربيع والخريف وفي العام 2018 تم رصد قرابة الـ 26,404 طير في خليج توبلي.

 بالإضافة إلى مستنقعات القرم، والسهول الطينية، هناك شواطئ صخرية فريدة في خليج توبلي.  علاوة على ذلك، يمثل الخليج منطقة حضانة ذات أهمية استثنائية لأغلب الأسماك التجارية، والروبيان كما أنه يأوي مجموعة متنوعة من الكائنات الحية البحرية. الجدير بالذكر بأن محمية خليج توبلي أعلنت كمحمية ضمن المواقع المدرجة في اتفاقية الأراضي الرطبة ذات الأهمية الدولية (RAMSAR) في العام 1997.